简介

ANGSD: Analysis of next generation Sequencing Data 下一代测序数据的分析

ANGSD是一种用于分析下一代测序数据的软件。 该软件可以处理从映射读数到推算基因型概率的许多不同输入类型。 大多数方法都考虑了基因型不确定性,而不是基于被称为基因型的分析。 这对于低深度和中深度数据尤其有用。 该软件是用C++编写的,并且已经用于大样本量。

官网:http://www.popgen.dk/angsd/index.php/ANGSD

下载:https://codeload.github.com/ANGSD/angsd/tar.gz/0.921

安装CURL

cURL包中包含一个实用程序和一个库,用于将具有URL语法的文件传输到以下任何协议:FTP,FTPS,HTTP,HTTPS,SCP,SFTP,TFTP,TELNET,DICT,LDAP,LDAPS和FILE。 它可以将下载和上传文件的功能合并到其他程序中,以支持流媒体等功能。

官网:https://curl.haxx.se

下载:https://curl.haxx.se/download/curl-7.35.0.tar.bz2

tar zxvf curl-7.60.0.tar.gz 
cd curl-7.60.0
time ./configure CC=gcc \
--prefix=$HOME/software/nscc/curl-7.60.0 2>&1 | tee c.lo
make
make install

安装XZ

XZ Utils是一款免费的通用数据压缩软件,具有高压缩比。 XZ Utils是为类似POSIX的系统编写的,但也适用于一些不那么POSIX系统。 XZ Utils是LZMA Utils的继承者。

官网:https://tukaani.org/xz/

下载:https://sourceforge.net/projects/lzmautils/files/xz-5.2.4.tar.gz/download

tar zxvf xz-5.2.4.tar.gz
cd xz-5.2.4
./configure CC=gcc \
--prefix=$HOME/software/xz-5.2.4 \
2>&1 | tee c.log
make
make install

安装htslib

HTSlib — A C library for reading/writing high-throughput sequencing data.

官网:http://www.htslib.org/

下载:https://github.com/samtools/htslib/archive/1.8.tar.gz

tar zxvf htslib-1.8.tar.gz
cd htslib-1.8
time ./configure CC=gcc \
CFLAGS="-I$HOME/software/xz-5.2.4/include \
-I$HOME/software/curl-7.60.0/include" \
LDFLAGS="-L$HOME/software/xz-5.2.4/lib \
-L$HOME/software/curl-7.60.0/lib" \
--prefix=$HOME/software/htslib-1.8 \
--enable-libcurl \
2>&1 | tee c.log
make
make install

安装angds

tar zxvf angsd-0.921.tar.gz
# 修改Makefile文件,设置安装路径
sed -i "s%prefix      = /usr/local%prefix      = \${PREFIX}%" Makefile 
export CC=gcc CXX=g++
time make PREFIX=$HOME/software/angsd-0.921 \
HTSSRC=$HOME/software/nscc/packages/htslib-1.8 \
LDFLAGS="-L$HOME/software/xz-5.2.4/lib \
-L$HOME/software/curl-7.60.0/lib" \
install 
2>&1 |tee  m.log

备注:设置HTSSRC变量,并没有给出安装后的路径,而是源码路径。是为了找到头文件和库的位置,如果给出安装后的路径,就需要修改Makefile中的HTS_INCDIR和HTS_LIBDID.

设置运行环境

export INSTALL_DIR=$HOME/software
export CURL_DIR=$INSTALL_DIR/curl-7.60.0
export XZ_DIR=$INSTALL_DIR/xz-5.2.4
export HTSLIB_DIR=$INSTALL_DIR/htslib-1.8
export ANGSD_DIR=$INSTALL_DIR/angsd-0.921
export PATH=$CURL_DIR/bin:$XZ_DIR/bin:$HTSLIB_DIR/bin:$PATH
export PATH=$ANGSD_DIR/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$CURL_DIR/lib:$XZ_DIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRRAY_PATH=$HTSLIB_DIR/lib:$ANGSD_DIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH