BEAST安装使用教程(Windows版)

简介

BEAST 2是用于分子序列的贝叶斯系统发生分析的跨平台程序。它使用严格或宽松的分子时钟模型来估计有根的,经过时间测量的系统发育。

它可以用作重建系统发育的方法,但它也是测试进化假设的框架,而无需以单个树形拓扑为条件。BEAST 2使用马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)在树空间上求平均,因此每棵树的权重均与其后验概率成正比。BEAST 2包括用于设置标准分析的图形用户界面和用于分析结果的一套程序。

官网:http://www.beast2.org/

下载beast

官网下载地址:http://www.beast2.org/

建议下载带java的版本,如果windows本地已有java环境,下载非java版本即可。

解压缩

使用解压缩工具解压缩BEAST_with_JRE.v2.6.2.Windows.zip即可,比如我们解压到了D盘,目录为D:\BEAST

配置Java

在windows下配置Java,就是设置系统环境变量即可,相关教程很多,下面还是赘述一下:

1.在开始菜单找到编辑系统环境变量

2.选择环境变量

3.在系统变量部分选择新建

4.输入变量名和变量值,如下图:

  • 变量名:Java_Home
  • 变量值:D:\BEAST\jre

5.修改Path环境变量,找到后选择编辑

6.在编辑环境变量页面选择新建

7.在输入位置写上Java的目录,然后点击确定

  • Java命令所在目录:%Java_Home%\bin

8.我们在选择新建,这次添加名为CLASSPATH的变量

  • 变量名:CLASSPATH
  • 变量名:.;%Java_Home%\bin;%Java_Home%\lib\dt.jar;%Java_Home%\lib\tools.jar

9.最后,我们点击确定即可。

运行Beast

  1. 按快捷键Win+R,输入cmd,进入命令行
  1. 输入d:后回车,进入D盘
  2. 输入cd BEAST进入BEAST的解压目录
  3. 输入运行命令java -jar %Java_Home%\..\lib\launcher.jar .\examples\testBSP.xml,即可运行。

这里详细说明一下上图中3这一步的含义,

  • java 是运行java命令
  • -jar %Java_Home%\..\lib\launcher.jar 是运行名为launcher.jar的模块,其中的%Java_Home%是刚才在系统环境中设置的环境变量,这里不需要更改,因为这个BEAST的压缩包的目录结构就是这样的
  • .\examples\testBSP.xml是因为在BEAST文件夹下有一个examples文件夹,里面有一个testBSP.xml测试文件

运行其他算例:

  1. 打开cmd命令行
  2. 使用cd命令进入算例文件input.xml所在目录
  3. 运行java命令
1
java -jar %Java_Home%\..\lib\launcher.jar .\input.xml

程序运行后如下图:

官方算例可以前往 https://www.beast2.org/tutorials/ 学习。

Linux版本

很久前写过Linux版本的使用方法,请参考:BEAST安装使用教程

文章作者: mrzhenggang
文章链接: https://blog.mrzhenggang.com/beast-install-windows/
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