简介

gromacs的基本编译安装教程请参考:gromacs 编译安装教程

本文介绍如何结合plumed安装gromacs。

编译plumed

PLUMED 是分子系统中自由能计算的开源库,与一些最流行的分子动力学引擎一起工作。 可以使用诸如元动力学,伞形采样和基于 Jarzynski 方程的转向 MD 之类的现有技术来执行自由能计算作为许多次序参数的函数,特别关注生物学问题。

官网地址:传送门

编译安装方法如下:

配置编译环境

# 设置编译c/c++的环境
source /opt/intel/composer_xe_2013.0.079/bin/iccvars.sh intel64
# 设置mpi编译环境  
export PATH=/usr/local/mpi-intel2013/bin:$PATH 
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/mpi-intel2013/lib:$LD_LIBRARY_PATH

编译plumed

tar -zxvf plumed2-2.3.0-tar.gz
cd plumed2-2.3.0
time CC=icc FC=ifort ./configure \
--prefix=$HOME/software/plumed2/2.3.0-icc13-mpich3 \
2>&1 | tee c.log
# real 3m18.979s
time make -j 12 2>&1 | tee m.log
# real 17m9.607s
time make install 2>&1| tee mi.log

设置运行环境

export PLUMED2_HOME=$HOME/software/plumed2/2.3.0-icc13-mpich3
export PATH=$PLUMED2_HOME/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$PLUMED2_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH

编译gromacs

解压缩

tar -zxvf gromacs-5.1.4.tar.gz
cd gromacs-5.1.4 

为gromacs打plumed的patch补丁

输入:

plumed patch -p

然后依据gromacs的版本选择编号,gromacs-5.1.4选择5)即可

PLUMED patching tool

1) amber14      4) gromacs-5.0.7    7) namd-2.8
2) gromacs-2016.1   5) gromacs-5.1.4    8) namd-2.9
3) gromacs-4.5.7    6) lammps-6Apr13    9) qespresso-5.0.2

Choose the best matching code/version:5
MD engine: gromacs-5.1.4
PLUMED location: $HOME/software/plumed2/2.3.0-icc13-mpich3.0.4/lib/plumed

...

patching file ./src/programs/mdrun/mdrun.cpp
patching file ./src/programs/mdrun/repl_ex.cpp
patching file ./src/programs/mdrun/repl_ex.h
patching file ./src/programs/mdrun/runner.cpp

PLUMED is compiled with MPI support so you can configure gromacs-5.1.4 with MPI

编译gromacs

mkdir build
cd build
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/software/gromacs-5.1.4-plumed2-2.3.0-icc13-mpich3.0.4 \
  -DCMAKE_C_COMPILER=icc -DCMAKE_CXX_COMPILER=icpc \
  -DGMX_DOUBLE=off \
  -DGMX_OPENMP=ON \
  -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 \
  -DFFTWF_LIBRARY="$HOME/fftw/lib/libfftw3f.a" \
  -DFFTWF_INCLUDE_DIR="$HOME/fftw/include/"  \
  -DGMX_MPI=on \
  -DGMX_GPU=off \
  2>&1 | tee cm.log
make -j12 2>&1 | tee m.log
make install 2>&1 | tee mi.log
参数 含义
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX 安装目录
-DCMAKE_C_COMPILER=icc 使用 icc 编译 c
-DCMAKE_CXX_COMPILER=icpc 使用 icpc 编译 cpp
-DGMX_DOUBLE=off 关闭double,编译单精度版本
-DGMX_OPENMP=ON 开启openmp的支持
-DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 使用 fftw3
-DFFTWF_LIBRARY=“$HOME/fftw/lib/libfftw3f.a” fftw库,请改为自己的
-DFFTWF_INCLUDE_DIR=“$HOME/fftw334/include/” fftw的头文件目录,请改为自己的
-DGMX_MPI=on 开启 MPI 支持
-DGMX_GPU=off 关闭 GPU 支持