OVITO是一个用于原子和粒子模拟数据的科学可视化和分析软件。 它有助于科学家更好地了解材料现象和物理过程。 该程序可在开源许可下免费用于所有主要平台。 计算模拟研究作为分析,理解和说明模拟结果的有力工具。

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windows版本

下载Windows版本的压缩包,Download OVITO 2.9.0。正常安装即可。

安装后双击ovito.exe即可打开。

linux版本

下载Windows版本的压缩包,Download OVITO 2.9.0

解压缩即可

tar zxvf ovito-2.9.0-x86_64.tar.gz
cd ovito-2.9.0-x86_64

设置环境变量

export OVITO_HOME=/path/to/ovito-2.9.0-x86_64
export PATH=$OVITO_HOME/bin:$PATH

请把 /path/to/ovito-2.9.0-x86_64 改为解压缩后的实际路径。

然后在命令行输入

which ovito

如果反馈了 ovito 所在路径即设置完成,我们尝试运行它。

ovito

如果程序启动失败并显示错误消息 ovito:/usr/lib64/libstdc++.so.6 : 版本CXXABI_1.3.8 未找到 ,请下载此版本的 libstdc++ 。所以并复制两个 .so 文件 OVITO安装的 lib/ovito/ 子目录。它们是必需的,因为系统上现有的 libstdc++ 版本与OVITO二进制文件不兼容。

下载地址:libstdc++.so.6libstdc++.so.6.0.21

然后拷贝到对应目录

export OVITO_HOME=/path/to/ovito-2.9.0-x86_64
cp libstdc++.so.6 $OVITO_HOME/lib/ovito
cp libstdc++.so.6.0.21 $OVITO_HOME/lib/ovito

我们再次运行命令

ovito

如果成功打开界面,说明成功运行。

如果是linux环境对图形界面支持的不好,我们可以用 ovitos 命令进行命令行方式进行图像处理。

报错:缺少nivida的库

在计算节点运行 ovitos 命令时,提示缺少libnvidia-tls.so和libnvidia-glcore.so库。

这个库存在于nvidia的驱动库中,我们从官网下载:传送门。依次选择:Linux - x86_64 - RHEL - 6 - rpm(local) ,下载 cuda-repo-rhel6-7-5-local-7.5-18.x86_64.rpm 压缩包。

然后解压缩rpm包并找到这两个库

rpm2cpio cuda-repo-rhel6-7-5-local-7.5-18.x86_64.rpm | cpio -div
cd var/cuda-repo-7-5-local
rpm2cpio xorg-x11-drv-nvidia-libs-352.39-1.el6.x86_64.rpm  | cpio -div
rpm2cpio xorg-x11-drv-nvidia-gl-352.39-1.el6.x86_64.rpm  | cpio -div
cd usr/lib64/nvidia

我们就可以找到它们了,然后将这两个库拷贝到合适的位置,并添加到LD_LIBRARY_PATH环境变量中:

export  LD_LIBRARY_PATH=/path/to/nvidia-lib:$LD_LIBRARY_PATH

如果还是搞不定,问管理员吧,让他把节点的CUDA驱动配置好。